Siguen saliendo a la luz detalles desconocidos sobre la negociación política que el Gobierno de Zapatero llevó a cabo con ETA. Cinco meses después del atentado de la T-4, los negociadores del Gobierno dijeron a los terroristas que era posible un acuerdo político. El acta de la reunión de 2006 refleja que se ofreció a ETA el relevo de José Bono como ministro de Defensa para blinar el proceso.
Las actas incautadas a ETA siguen mostrando hasta qué punto el gobierno siguió buscando acuerdos con los terroristas después del asesinato de dos personas en la T4 de Barajas. Reunión del 18 de mayo de 2007 entre el Gobierno y ETA. En el acta aparece cómo los mediadores del gobierno mantuvieron que todavía el acuerdo político era posible, y que "el objetivo final del proceso no es la rendición de los terroristas, sino que pueda defender su proyecto político en igualdad de condiciones y que esta desaparezca porque existen esas vías".
Asimismo, en dicha reunión, en la que estuvieron presentes dos representantes de Batasuna, dos del PSOE, dos del Gobierno, dos del Sinn Fein, dos del ejecutivo de las Landas y uno de Noruega, se planteó la necesidad de abordar la legalización de Batasuna y desactivar determinados puntos de la Ley de Partidos, la cúal, según recoge el acta "al Gobierno tampoco le gusta".
Respecto a los presos etarras, en dicha reunión, se puso encima de la mesa una posible solución: "si las condenas notienen que ver con delitos de sangre, se tomarán las medida penitenciarias posibles para un régimen de libertad o prisión atenuada". Para quienes tuvieran delitos de sangre, accederían a la libertad tras el desarme de la banda terrorista.
Otra acta, la de una reunión de mayo de 2007, celebrada en Ginebra, y en la que participaron por parte de Batasuna, Arnaldo Otegi, y Rufino Etxeberría; y por parte del PSOE, el presidente de los socialistas vascos, Jesús Eguiguren, los negociadores de Zapatero les ofrecen un plan con plazos incluídos para unificar País Vasco y Navarra. Al día siguiente otro socialista vasco, Rodolfo Ares, y el negociador del gobierno Juan Manuel Goméz Benítez reculan en esa idea. Los navarros acababa de salir en masa a las calles en manifestación en Pamplona para pedir que Navarra no fuera moneda de cambio en la negociación. Zapatero respondió al día siguiente acusando al PP de agitador.
El presidente del Congreso, José Bono es hoy protagonista de otra de las actas; la correspondiente a las reuniones de junio de 2006. Los negociadores del Gobierno le venden a ETA la destitución, dos meses antes, de José Bono como ministro de Defensa, como una herramienta "para blindar el proceso". Previamente comunicaciones interceptadas por los servicios de información mostraban como los etarras decían que a Bono había quitárselo de enmedio como fuera.
Bono niega lo que dicen las actas de ETA. Su cese no se debió a la negociación con los terroristas.
