La exposición permanente del Museo Naval, a través de sus salas, propone realizar un recorrido por la historia naval española, desde finales de la Edad Media hasta la actualidad, y dar a conocer la contribución de la Armada al progreso social, cultural, económico, militar y científico de España y del mundo.
Además de los personajes e hitos de la historia naval de España, podemos conocer los diferentes tipos de embarcaciones y sistemas de construcción naval desarrollados a lo largo de la historia, los avances científicos en la navegación y sus ciencias afines.
Entre otras muchas cosas, podemos disfrutar de la cartografía o la astronomía, las armas y enseres propios de la vida a bordo, los descubrimientos y expediciones españolas durante la Edad Moderna y la evolución de la propia Armada a lo largo de sus ocho siglos de historia.
La Carta Universal de Juan de la Cosa es la pieza más importante del museo. Se trata de un mapamundi del siglo XVI, donde Juan de la Cosa mostraba a los Reyes Católicos cómo eran las tierras americanas recién descubiertas.
Esta carta es el primer mapa en el que se representa América. Las islas de las Antillas presentan un mayor detalle por ser las primeras que llegaron los castellanos en sus primeros viajes. El trazado y la decoración del mundo antiguo (Europa, África y Asia) mantienen la herencia de las cartas portulanas medievales.
También podemos apreciar una maqueta del Santa María, navío que utilizó Colón en su viaje a América, y otra del Nao Victoria, el primer buque que dio la vuelta al mundo.