¿Por qué nunca llegó a utilizarse el Manzanares como suministro de agua potable? Esto se debe a su caudal irregular y a la dificultad de subir el agua a la ciudad. Por estos motivos no se contempló como fuente principal de agua. Ahora bien, el río sí que tuvo un uso muy característico: la navegación.
Durante el reinado de Felipe II, al monarca se le ocurrió la idea de hacer un canal navegable entre Madrid y Lisboa. Para llevarlo a cabo, encargó al ingeniero italiano Giovanni Battista un proyecto parra hacer navegables los ríos Manzanares, Jarama y Tajo, uniendo ambas ciudades al tiempo que el recorrido pasaba por Toledo.
Con esta idea se pretendía que los barcos provenientes de América pudieran llegar directamente a Madrid, la nueva capital del reino, sin tener que pasar previamente por el sur de la península.
Aunque financieramente no era viable, técnicamente sí. Incluso se llegó a iniciar la construcción del primer tramo del Canal del Manzanares en 1770. Los barcos podían navegar a lo largo de varias decenas de kilómetros en un recorrido que unía Madrid con Vaciamadrid.
