Fidel Castro fue el padrino en la boda entre Pepa Flores, conocida como Marisol, y Antonio Gades en 1982. La cantante española conoció a Antonio Gades 9 años antes de su matrimonio. La bailarina Alicia Alonso fue la madrina de aquella boda que se produjo en Cuba. Marisol llegó a manifestar su apoyo al régimen castrista y al comunismo.
El primer matrimonio de Pepa Flores fue con hijo de su descubridor y representante, Carlos Goyades. La artista cambió su vida en aquel momento y se dejó guiar por el que era su amor en aquel entonces. La pareja se casó sin la aprobación de las familias y Carlos pasó a ser el representante de Marisol. La relación se desgastó por el trabajo y terminaron 3 años después de casarse.
En la actualidad, Pepa Flores mantiene una relación con el italiano Massimo Stecchini. La pareja tiene más de 40 años de relación y la artista ha decidido alejarse del foco mediático.